Ben Hoekendijk stond samen met zijn toenmalige vrouw Wiesje Hijink en zijn zwager en zus Peter en Else Vlug aan de wieg van de stichting die ontstaan is uit de ‘Ben Hoekendijk Evangelisatie Campagnes’. In 1960 begon Ben Hoekendijk met de uitgave van het blad Opwekking, dat later tevens de naam zou worden van de stichting. Hij is ook bekend vanwege zijn evangelisatiepreken, boeken en studies waarbij de nadruk lag op het werk van de Heilige Geest. Begin jaren zeventig was hij de initiator van de conferenties die aanvankelijk door een paar honderd mensen werden bezocht. Inmiddels trekt de Pinksterconferentie van Stichting Opwekking jaarlijks ruim 60.000 bezoekers.

Begin jaren negentig nam Hoekendijk afscheid van Stichting Opwekking vanwege de ontwikkeling van het werk, maar ook vanwege privéproblemen, die uiteindelijk zouden leiden tot de scheiding van zijn vrouw Wiesje. Hoewel er ook verwijdering ontstond tussen Ben en zijn zus en zwager, werd het contact een aantal jaar geleden hersteld. Ook het contact tussen Ben en zijn voormalige echtgenote werd hersteld.
Zijn zus en medeoprichter van Stichting Opwekking, Else Vlug, overleed in 2019 na een kort ziekbed. Zij werd 85 jaar.

Stichting Opwekking schrijft op de website: "Hoewel er in de geschiedenis van de stichting wellicht vraagtekens zijn blijven staan, zijn we dankbaar voor het leven van Ben Hoekendijk. Mede dankzij zijn leven en vanuit zijn initiatief is Nederland gezegend met een organisatie die vele mensen geleid heeft tot een ontmoeting met God en het leren kennen van de kracht van de Heilige Geest. Velen hebben een aanraking van God ervaren in hun leven. God is een God van generaties en werkt door mensen heen, ook als zij fouten maken. Wij bidden de familie Gods zegen en troost toe."